Ekonomikos ir inovacijų ministerija nuo 2012 m. viena pirmųjų viešajame sektoriuje institucijos veiklos efektyvumo didinimui pradėjo taikyti projektinio valdymo principus ir instrumentus. Ekonomikos ir inovacijų ministro prioritetiniai darbai įgyvendinami taikant projektinį valdymą.
Ekonomikos ir inovacijų ministerijos projektų portfelį sudarantys projektai inicijuojami, planuojami, vykdoma jų įgyvendinimo stebėsena, užbaigiami ir valdomi vadovaujantis Strateginio valdymo metodikoje nustatyta projektinio valdymo tvarka. Projektų įgyvendinimo stebėsena vykdoma Portfelių ir projektų valdymo informacinėje sistemoje (PPVIS).
Ekonomikos ir inovacijų ministerijos Projektų valdymo skyrius atlieka projektų valdymo tarnybos funkcijas – koordinuoja ministerijos projektų, projektų programų ir projektų portfelių sudarymą ir valdymą, vykdo jų įgyvendinimo stebėseną.
Sprendimus dėl ministerijos projektinio valdymo sistemos tobulinimo, ministerijos projektų portfelio sudarymo, projektų portfelį sudarančių projektų priskyrimo strateginiams ir ypatingos svarbos projektams ir kitais su projektiniu valdymu susijusiais klausimais priima Ekonomikos ir inovacijų ministerijos projektų portfelio komisija.
Taikant LEAN vadybos metodus, ministerijoje standartizuojami ir aprašomi projektinio valdymo procesai.